O órgão da igreja está situado no coro, ao qual se chega através de uma escada.
Foi encomendado na Alemanha por Joaquina de Almeida Prado e Coronel Lourenço Avelino, em respeito a vontade do Major Francisco de Paula Almeida Prado um grande órgão. Este, chegou em 1915 e era um dos maiores que tinha chegado à São Paulo e ao Brasil. A doação foi recebida festivamente pela cidade.
Assim noticiou o Commercio do Jahu no dia 28 de setembro de 1915:
“O grande orgam” Domingo foi inaugurado às 8 horas, o grande orgam offerecido à matriz, pela exma. Sra. D. Anna Joaquina de Almeida Prado e coronel Lourenço Avelino de Almeida Prado. A essa hora o revmo. Cônego Bento Monteiro do Amaral, digno e zelozo vigário da parochia, revestido de pluvial roxo e assistido de 4 eclesiasticos dirigiu-se ao coro e ahi foi solennemente benzido o orgam, servindo de paraninmplhos os generosos doadores. Logo em seguida o maestro Azzi tocou um hymno especialmente composto para este dia. (...)
Depois de discorrer sobre as bellas artes e da influencia que sobre ellas exerceu e exerce a Egreja Catholica, referuiu-se à magestosa egreja do Jahu e num rasgo de eloqüência descreveu a sua architectura gothica, as suas ogivas, as suas arcarias, as cores vivas dos seus vitraes, os seus altares, os seus púlpitos etc. Faltando então, como complemneto, um grande orgam, que é no dizer do illustre sacerdote – a voz da Egreja.”

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